防城港市地质构造有大录、彭祖岭、木马隘、防城、那良等5个断层，那垌、平旺2个背斜，峒中—扶隆断裂，防城褶断带，冲榄单斜，那梭向斜，以及东兴盆地，共13个不同地层结构，纵横全市各乡镇，形成各具特色的地貌。横亘于防城港市中部的十万大山，全长130多公里，峰峦叠翠，连绵起伏。海拔在800米以上的山峰有75座，薯良岭海拔1462米，是全市最高山峰；其次是久宝山，海拔1448米，为第二高峰。市内共有隘口41个，解放前，这些隘口是防城通往上思的重要道路。解放后公路四通八达，这些隘口多已荒废。市内丘陵、台地、平原盆地相间。东南至北部湾海边，多为丘陵、台地，沿海地形破碎，海岸曲折。市内有河流10多条，均发源于十万大山，多数为东南流向，汇入北部湾。其中较大的有北仑河、防城江、明江、那梭江、滩营江和罗浮江6条，均可通航。河流的主要特点是流程短，落差大，水能资源丰富。

    防城港市属南亚热带季风气候区。冬季气候暖和，夏季多雨高温。年均气温21.8℃—22.5℃，年均湿度82％，年均降雨量2823毫米。每年6—10月受热带高气压的控制，台风和热带风暴年均4—5次，多时可达6—7次。

    土壤分属水稻土、砖红壤、赤红壤、黄壤、紫色土、冲积土、风沙土7个土类。西北山区以黄壤和红壤为主，主要种植旱地作物和经济林；南部丘陵沿海地带多分布冲积土、潮汐土、紫泥土，为市内重要水稻耕作区。

    据最新资料，全市可开发20米等深线以内的浅海海域为15.5万公顷，平均每公里海岸线占有浅海海域面积为265.4公顷。其中各区、县、市分别占有大陆海岸线及浅海海域面积是：港口区278公里、73781.2公顷，防城区210公里、55734公顷，东兴市96公里、25478.4公顷。

    防城港市有大陆海岸线584公里，岛屿海岸线166.1公里。其中大陆海岸线的分布：茅岭乡11公里，防城镇91.49公里，光坡镇149.82公里，企沙镇127.87公里，江山乡108公里，江平镇76.61公里，东兴镇19.29公里。东起防城区的茅岭乡(中间隔钦州龙门岛)，经港口区的企沙、光坡两镇，防城区的防城、江山两乡镇，东兴市的江平镇，西至东兴镇北仑河口止。岛屿面积共18.05平方公里。主要分布在港口区的光坡、企沙两镇。距大陆最远的是夜鹰岛(雾水洲)，处北纬20°20＇，东经107°45＇，面积约1平方公里。海水潮汐基本为规则的全日潮，沿海海水无污染，绝大部分海区的水质符合《海水水质标准》1类。养殖的主要品种有：近江牡蛎、文蛤、泥蚶、对虾、珍珠、锯缘青蟹、中华乌塘和其他海水经济鱼类。

    防城港市依山濒水，自然资源主要有：

    土地资源 全市土地面积620666.7公顷，其中耕地45308.7公顷，占7.3％；山地、丘陵485361.4公顷，占78.2％；水域面积49032.7公顷，占7.9％；其他40964公顷，占6.6％。

林业资源  全市有林业用地50万多公顷，占总面积的70％以上。其中有林面积297333公顷，尚有宜林山地20万多公顷。活立木蓄积量630万立方米，平均每年立木生长量39万立方米，森林覆盖率达58.7％。境内林种资源品种繁多，共有1500多种，林副产品300多种。最著名的是松、杉等用材林和经济价值较高的肉桂、八角以及国家一级保护树种金花茶。其次是国家二级重点保护树种紫荆木、万年木、野荔枝、广柏等和国家三级重点保护树种竹叶楠、土沉香、香花木。还有野人参、木耳、香菇、砂仁、灵芝、巴戟、枳实、伏苓、杜仲、七叶一枝花、蜂蜜等名贵药材和土特产。

    动物资源 有哺乳动物、鸟纲动物、两栖动物、爬行动物等28目，80科，269种。列为国家一级和二级保护的哺乳类动物有蜂猴、黑叶猴、小水獭、金猫、云豹、獐、穿山甲、苏门羚等21种；列为二级保护的鸟类有海南虎斑开鸟、鹇、原鸡、绿嘴地鹃、大山雀等8种；列为一级和二级保护的两栖类爬行类动物有虎纹蛙、地龟、巨蜥、蟒蛇等6种。

    水能资源  防城港市受海洋湿热气流影响大，雨季较长，雨量充沛，年均降雨量2823毫米，年均降雨天数为176天。境内10多条主要河流，全长400多公里，年径流总量80亿立方米以上。河流上游落差大，水势急，水量大，有利于发电、灌溉等；中下游一般比较平坦、开阔，可用于航运。水能蕴藏量达45万千瓦，可开发水电装机容量也有15万千瓦以上。

    畜牧业资源  防城港市牧草、野生饲料丰富，畜禽品种以猪、牛、鸭、鸡、鹅为主，还有山羊、白兔、鹌鹑等。猪品种有约克、丹麦猪以及上思、陆川、东山、那良猪。牛品种有本地水牛、么拉牛、尼里水牛、黄牛等。鸡品种有光坡鸡、红布罗、新汉、米航鸡以及火鸡等。鸭包括本地麻鸭、金定鸭、樱桃谷鸭、浙江麻鸭、西洋鸭、北京鸭等。畜品种的特点是生猪多为肉脂兼用型。

    境内草地、草坡以及沿海滩涂广阔，饲料来源丰富，并有进一步开发利用的巨大潜力，为饲养畜禽提供良好的物质条件。

    海洋资源 防城港市海产资源丰富，海上渔类500多种，虾类200多种，头足类近50种，蟹类20多种。其中产量高富有经济价值的主要有红鳍、红鱼、石斑鱼、鲳鱼、金钱鱼、鲱鲤鱼、骨鱼等30多种；海味品有海鳗、鳝肚、鱿鱼、虾米、沙虫、墨鱼、章鱼等；海珠品有珍珠、鱼翅、鳕鲛、海参、带子等；介贝类有大鲎、青蟹、海蜇、大蚝等；海豚类有海猪、海马、海牛(美人鱼)等。企沙渔港(广西第二大渔港)、江山、光坡、茅岭、江平等地为主要产地。境内江河纵横，湖库池塘棋布，水域面积44931.8公顷，可供养殖利用面积6000公顷以上。常见的淡水鱼类有鲤鱼、草鱼、鲢鱼、塘角鱼、非洲鲫、尼罗非等200多种。